Эстония располагает густой речной сетью. Реки северной и западной Эстонии (Нарва, Пирита, Казари, Пярну и др.) впадают непосредственно в заливы Балтийского моря, а реки восточной Эстонии имеют сток во внутренние водоемы: в озеро Выртсъярв на юге (р.Пыльтсамаа) и Чудское озеро (р.Эмайыги) и Псковское озеро на востоке. Самая длинная река — Пярну имеет протяженность 144 км и впадает в Рижский залив Балтийского моря. Наиболее многоводные реки — Нарва, через которую сток Чудского озера направляется в Финский залив, и Эмайыги. Судоходна только р. Эмайыги, причем ниже города Тарту. Во время весенних паводков уровень воды в реках значительно повышается (до 5 м).

В Эстонии насчитывается более 1150 озер и свыше 250 искусственных прудов. Озера имеют в основном ледниковое происхождение и занимают ок. 4,8 % территории. Крупнейшее озеро страны Чудское (или Пейпси) расположено на востоке и образует природную и историческую границу с Россией. Площадь Чудского озера 3555 кв. км, из них 1616 кв. км принадлежат Эстонии. Самый крупный внутренний водоем Эстонии — оз. Выртсъярв — имеет площадь 266 кв. км.

Животный мир.
По берегам водоемов обитают европейская норка и выдра.
В пресных водоемах и прибрежных водах обитают более 70 видов рыб (карповые, лососевые, снеток, ряпушка, чудской сиг, лещ, плотва, окунь, судак, щука, налим, форель, карась, линь, сазан, салака, килька, треска, камбала, морской сиг, угорь и др.). Многие из них имеют промысловое значение.
На островах западного архипелага гнездятся обыкновенная гага, хохлатая чернеть, широконоска,большой крохаль, турпан, серый гусь, чайки.
В водоёмах,находящихся или прилегающих к Эстонии более 1700 видов водорослей.